L'UNEPES-Bénin est née d'une volonté commune de structurer la représentation des établissements privés d'enseignement supérieur (EPES) et de fournir un interlocuteur unique pour le gouvernement. Cette initiative permet une meilleure coordination et un suivi rigoureux des activités et des requêtes du secteur. L'UNEPES remplace les anciennes associations faîtières, désormais dissoutes, et regroupe les principaux acteurs privés de la formation universitaire au Bénin, dans un souci d'amélioration continue et de cohésion.